Il est nécessaire de demander l'agrément pour chacune des phases pour lesquelles le Maître de Stage Universitaire (MSU) désire recevoir des internes, en cohérence avec la maquette de la spécialité : certaines maquettes prévoient spécifiquement des stages en libéral pour une ou plusieurs phases du cursus de l’interne.

Elles concernent l'ensemble des spécialités

L’agrément pour former des internes de phase 3 concerne toutes les spécialités, à l'exception de la médecine générale.

Pour les Maîtres de stages Universitaires désirant s’investir dans la formation des internes en phase de consolidation, il leur faudra renseigner un formulaire spécifique détaillant le lieu de stage et le projet pédagogique.

Pendant la phase de consolidation, l’interne est thésé et a le statut de Docteur Junior. Cette période dure un an, mais en fonction du projet professionnel de l’interne et en accord avec le coordonnateur de la spécialité, ce stage peut se concevoir en différents lieux et notamment inclure une partie libérale.

Un lieu de stage ou un maître de stage peut être agréé pour la phase de consolidation alors qu’il n’a pas demandé à être agréé pour les phases socle et d’approfondissement.

Pour les stages de la phase de consolidation, les étudiants établissent chacun, par ordre de préférence, une liste de vœux de lieux de stage agréés ou de praticiens agréés-maîtres de stage des universités parmi les postes offerts aux étudiants de leur spécialité et de leur phase de formation. Cette liste comprend un nombre de vœux correspondant à 20 % des postes offerts avec un minimum de quatre vœux.

Les praticiens agréés-maîtres de stage des universités et les responsables médicaux des lieux de stage agréés classent, par ordre de préférence, les étudiants les ayant sélectionnés.

Les étudiants sont affectés en stage par le directeur général de l'Agence Régionale de Santé, après recoupement de ces listes et avis de la commission locale de spécialité. Ce recoupement sera fait sur un logiciel semblable à Epidaure.

En tant que de besoin, les étudiants non affectés à l'issue de la procédure précédente établissent une nouvelle liste de vœux de lieux de stage agréés ou de praticiens agréés-maîtres de stage des universités parmi les postes offerts au niveau de la région aux étudiants de leur spécialité et de leur phase de formation et non pourvus à l'issue de la procédure de recoupement des listes.

En cas de non-affectation selon ces modalités, le directeur général de l'Agence Régionale de Santé, saisi par le directeur de l'unité de formation et de recherche auprès de laquelle est inscrit l'étudiant, peut, après un entretien avec l'étudiant, en présence du coordonnateur local et du représentant des étudiants à la commission locale de subdivision, l'affecter en stage dans un lieu de stage ou auprès d'un praticien agréé-maître de stage des universités ne figurant pas sur sa liste de vœux.